Pierwszy numer "Małopolski" ukazał się w 1999 roku z inicjatywy i dzięki finansowemu wsparciu ks. Władysława Pilarczyka. Kolejni redaktorzy naczelni wywodzili się z Uniwersytetu Pedagogicznego w Krakowie. Pierwszym został dr Edward Chudziński, w latach 2011–2018 pełnił tę funkcję prof. zw. dr hab. Zdzisław Noga, w 2019 – dr Mateusz Wyżga, a od 2020 roku redaktorem naczelnym pisma jest prof. UP dr hab. Grzegorz Nieć. W Radzie naukowej zasiedli znani krakowscy uczeni i regionaliści z prof. Feliksem Kirykiem i prof. Franciszkiem Ziejką na czele. Od 2001 roku redakcja rocznika ma swoją siedzibę w Wojewódzkiej Bibliotece Publicznej w Krakowie.